大便的气味由细菌分解的产物所致，产生气味的主要成分为吲哚、粪臭素、碳化氢、胺、乙酸、丁酸等。其中产生粪便恶臭的是吲哚、粪臭素。
值得一提的是，很多香水、花（如茉莉）之所以香是因为含有少量的吲哚，但粪便中吲哚的浓度较大，反而就臭了。
食物在胃和小肠内进行消化、主要是各种消化酶的作用。结肠不产生酶，只有细菌起消化作用。结肠内有多种细菌，大肠杆菌70％，厌氧杆菌20％，还有链球菌、变形杆菌、葡萄球菌、乳杆菌、芽胞和酵母。另有极少原生动物和螺旋体。肠细菌的重要作用是能产生生理需要的物质，如食物缺乏维生素时可在肠内合成维生素K、维生素B1、B2、维生素H、维生素B12、B6，叶酸和消旋泛酸。也能产生吲哚、粪臭素、硫化氢使粪有臭味。
粪便在肠内积存的时间长了就像食物在高温环境下放久了会变质发出馊味儿一样。肠内温暖，大便就会很快“变质”，所以才臭臭的。
经常吃肉的人的大便也容易臭臭的并且易便秘，最好是平时多吃蔬菜，尤其是粗纤维蔬菜，这样使肠道通畅，减少粪便在肠内堆积的时间，大便也不会很臭。
喝一些清肠的茶会有些效果，它会促进肠蠕动，让粪便尽快排出，使之不在肠道内堆积。
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