美国治理琉球时期，是从1945年（昭和20年）美军占领冲绳开始，直到1972年（昭和47年）5月15日转交日本为止，琉球列岛共有27年由美国所治理。所管辖的范围包括冲绳群岛、宫古群岛和八重山群岛。
军政的开始
第二次世界大战末期时，1945年3月底美军开始在冲绳群岛进行登陆作战，并于4月1日登陆冲绳岛，与当时负责防卫的日军展开了冲绳岛战役。美军登陆后，便立即在占领地设立了美国海军政府。6月，美军几乎占领了冲绳群岛全部之区域；8月15日日本宣布投降后，美国军政府设置了由冲绳当地居民所组织的“冲绳咨询会”，作为与当地居民沟通的管道。
美军在占领冲绳群岛后，也先后进入宫古群岛及八重山群岛，并恢复原本的宫古支厅及八重山支厅的机能，以维持当地社会运作。1946年（昭和21年）2月，美军将原属日本鹿儿岛县的奄美群岛从日本政府管辖中划分出来，并放入美国在琉球群岛的军政府管辖下。
美国原本认为，琉球群岛与朝鲜半岛同样是被日本的帝国主义所统治的殖民地，因此计划将琉球群岛交由联合国托管后，由日本分离出并独立，美国军政府也是以此为目标来运作。但是以苏联为首的共产主义国家兴起，进入冷战时期后，美国意识到如果将琉球群岛托管，便不能有效利用琉球群岛来与苏联对抗，防止共产主义势力进入太平洋。因此决定撤回以琉球独立为前提的托管计划，改认可日本对琉球的潜在主权，以维持以军队统治琉球的型态。
又有一说，美国本来想将琉球群岛的主权交予当时的友邦、同时也是联合国的创始会员国之一的中国（中华民国政府），但是因为二战结束后，中国内部随即陷入内战（国共内战）之中；数年之后，中国大陆成为苏联共产主义阵营的一部份，全球进入冷战时期，美国为了自身战略利益上的考量、也为了防止共产主义在全世界扩张，因此转而将琉球群岛主权交给当时为属于美国阵营的日本政府。所以，至今，中华民国政府依旧不承认日本拥有琉球群岛的主权。
美国为了加强军备，在美军取得于琉球群岛上的日军旧基地后，便不断强制的征收了当地居民的土地，以扩张了演习和补给的用地。被当地人以“用枪、剑和推土机进行的土地征收”来比喻，成为美军强权的代名词。
与日本本土分离
1947年4月，联合国通过“关于前日本委任统治岛屿的协定”，正式将北纬29度以南的琉球群岛和钓鱼台群岛交给美国托管。
1952年（昭和27年）的旧金山和约中，确认了日本在琉球群岛的潜在主权，也让美军继续维持控制琉球群岛。同时，作为行政治理机关的冲绳咨询会先后改组为“冲绳中央政府”、“冲绳民政府”，最后在1952年成为“琉球政府”直到归还日本。
1953年12月25日美国将与论岛以北的奄美群岛归还日本，但也使得从奄美来到冲绳本岛工作的人成为非琉球政府管理的“日本人”，产生一些社会问题。
经济
原本冲绳岛战役造成冲绳的经济基础被破坏，经济上流通的货币除了原本的日圆外，也增加了由美军发行的B型军票（Type "B" Military Yen），并在1948年到1958年间成为琉球群岛上惟一合法的货币。不过在1958年后，改以美金为正式货币。
虽然与日本本土的经济圈分离，但因为美军基地的设置，产生了许多新的工作机会，包括土木建设、运输、基地周边的饮食业及风化业。
与日本本土的通行，限制必须持有护照。
美国派驻最高首长
从1957年（昭和32年）起，美国统治琉球群岛的最高首长改称为“高等专务员”，由美国国防部长经美国总统同意后指派中将阶级之将官担任。
历代高等专务员为：
- 詹姆斯·E·摩尔（James Edward Moore）陆军中将（1957年7月- 1958年4月）
- 唐纳德·P·布思（Donald Prentice Booth）陆军中将（1958年5月- 1961年1月）
- 保罗·W·卡拉威（Paul Wyatt Caraway）陆军中将（1961年2月- 1964年7月）
- 艾尔伯特·华生二世（Albert Watson II）陆军中将（1964年8月- 1966年10月）
- 费迪南·T·安格（Ferdinand Thomas Unger）陆军中将（1966年11月- 1969年1月）
- 詹姆斯·B·莱帕特（James Benjamin Lampart）陆军中将（1969年2月- 1972年5月）
特别是第三任的卡拉威中将治理下，多次使用“琉球”刺激冲绳居民的民族主义，企图推动与日本分离的主张。
回归日本
琉球群岛于1972年（昭和47年）5月15日回归日本统治，并恢复设置冲绳县。
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