微软认证系统工程师 (MCSE) 是微软认证中的高级认证之一，代表持有认证的专业人员，对微软的服务器，网络技术，系统管理的建置，管理，部署以及维护等工作具有相当的经验与知识，适合网络工程师，系统管理员，系统工程师或网络管理师等职务，在早期与 MCSD 并行微软的两大高级认证，最早的版本是 Windows NT 3.51，接着在每个 Windows Server 的版本更新，就会更新 MCSE 的认证要求，早期的 MCSE 都要考一科网络知识的必考科目 Exam 70-058: Networking Essentials，一直到 Windows 2000 才纳入 Server 的考试中。

考试科目

MCSE 的考试科目分为内核考科和选考科目两种，内核考科通常会包含网络知识，服务器管理，企业级服务器与网络管理，用户端操作系统等考试，考科数大约 4-6 科，由于科目很多，对于考生准备与应考上会有相当压力，不过以系统管理与系统工程的角度，以及微软产品的涵盖度来看，考如此多科确有必要。在 MCSE on Windows 2000 开始，由于对 MCSE 的资格认可加上了设计的要求，因此在 Windows 2000 考试中首次出现设计网络架构的考试科目。

内核考试

以 Windows Server 2003 版本的 MCSE 为例，其内核考试科目为：

用户端考试（择一应考）：

Exam 70-620: TS: Windows Vista, Configuring

Exam 70-270: Implementing and Supporting Microsoft Windows XP Professional

服务器考试 (1)：

Exam 70-290: Managing and Maintaining a Windows Server 2003 Environment

服务器考试 (2) 与网络管理：

Exam 70-291: Implementing, Managing and Maintaining a Windows Server 2003 Network Infrastructure

网络服务规划：

Exam 70-293: Planning and Maintaining a Windows Server 2003 Network Infrastructure

目录服务规划与实现：

Exam 70-294: Planning, Implementing and Maintaining a Windows Server 2003 Active Directory Infrastructure

网络服务设计（择一应考）：

Exam 70-297: Designing a Windows Server 2003 Directory Service and Network Infrastructure

Exam 70-298: Designing Security for Windows Server 2003 Network

选考科目

选考科目则是以微软 Microsoft Servers (早期称为 Microsoft BackOffice) 的服务器产品为主，任选二科，像是 Systems Management Server，Exchange Server (早期为 Microsoft Mail)，SQL Server，SNA Server (现为 Host Integration Server)，Proxy Server (现为 Internet Security and Acceleration Server) 等等都有列入考科中。